Со вступлением в 1762 году на российский престол императрицы Екатерины II Сенат снова становится высшим органом управления в стране. Проведение масштабной реформы императрица доверяет графу Н. И. Панину. Глава русского внешнеполитического ведомства активно включается в работу и уже в 1763 году представляет императрице проект по реформе Сената.

Преобразования 1763 года изменили роль Сената в системе государственного управления. Указом императрицы высший орган власти разделился на шесть департаментов. Согласно манифесту, в ведение четырёх петербургских департаментов вошли, соответственно, вопросы внутренней и внешней политики; судебного производства; управления окраин (Малороссии, Остзейских провинций, Финляндии), образования, медицины; дела военного и морского министерства.

Пятый и шестой департаменты в Москве ведали отправлением текущих государственных дел и судебными вопросами. Во главе каждого из департаментов был поставлен обер-прокурор.

Все департаменты Сената признавались равными по статусу и достоинству. Работа каждого из них была чётко регламентирована уставом. Согласно ему, все дела решались единогласно и только при разногласии переносились на общее собрание.

Разделение Сената на департаменты принесло большую пользу в деловом отношении. Главная цель реформы, а именно ускорение делопроизводства, была достигнута.

Примечательно, что в декабрьском манифесте 1763 года Екатерина II справедливо отметила: «Всякого государства благосостояние основано на внутреннем спокойствии и благоденствии обитателей», «но нельзя сего достигнуть, как только добрым учреждением внутренних распорядков всех государственных и судебных правительств».