Патриаршее управление Церковью было упразднено Петром I в 1701 году. С 1701 по 1718 года церковные вотчины управлялись при помощи специального органа – Монастырского приказа. В 1718 году русский монарх высказал соображение, что «для лучшего впредь управления мнится быть удобно духовной коллегии». Государь поручает своему сподвижнику, псковскому епископу Феофану Прокоповичу заняться составлением для будущей коллегии устава – Духовного Регламента, документа, определявшего правовое положение Православной Церкви в России.

Организационная работа была вскоре завершена, и уже 25 января 1721 года вышел манифест об учреждении нового церковного органа. Президентом Духовной Коллегии, впоследствии Синода, был назначен епископ Стефан Яворский. Усилиями Петра I Синод получил признание всех православных Церквей в мире.

Стоит отметить, что Святейший Правительствующий Синод являлся высшим государственным органом церковно-административной власти в Российской империи. Согласно закону, Синод определялся как «соборное, обладающее в русской православной церкви всеми видами высшей власти и состоящее в сношениях с заграничными православными церквами правительство, чрез которое действует в церковном управлении верховная самодержавная власть, его учредившая». В ведение Синода была передана канцелярия для отправления дел и типография, а также сформированы приказы: духовный, казённый, дворцовый, церковных дел и канцелярия по раскольническим делам.

Примечательно, что все члены Синода назначались императором. Представителем монарха в Синоде был специальный светский чиновник –  Обер-прокурор.

Святейший Правительствующий Синод  существовал в нашей стране почти два столетия. Это время в истории Русской Церкви получило особое название – Синодальный период. Закончился эта эпоха в 1917 году с избранием на патриарший престол митрополита Тихона.