Высшее государственное учреждение на правах коллегии было учреждено в Санкт-Петербурге по указу императора Петра I. В царствование монарха Главный магистрат был центральным органом городского управления, в ведении которого находились все основные области жизни столицы.

Создание нового учреждения было призвано упорядочить дела посадского (городского) населения. Главный магистрат курировал ремесленные, торговые, хозяйственные права жителей. Примечательно, что в уставе Главного магистрата городские жители делились на «регулярных граждан», которые входили в гильдии и цехи, и на «подлых», которые трудились по найму.

Главный магистрат находился в прямом подчинении монарха и Сената. Во главе учреждения стоял обер-президент из дворянского сословия. Это был опытный человек, знакомый со спецификой городского управления и экономической стороной дела. В правление магистрата входили также состоятельные и заслуженные жители города.

Главный магистрат в Санкт-Петербурге осуществлял контроль и над распределением финансов в других городах, курировал налоговое обложение, сбор податей (таможенных, кабацких, солевых), работу полицейских органов. Помимо этого, столичное учреждение инспектировало работу городских магистратов по всей стране, утверждало их решения по гражданским  и уголовным делам, разбирало апелляции на судебные постановления.

Со временем Главный магистрат утратил часть своих функций. С 1775 года он являлся, по сути, только судебным учреждением. В его ведении находились уголовные и гражданские дела лиц из купеческого и мещанского сословий. Главный магистрат был упразднён указом от 2 октября 1782 года.